孔子四十七岁时，退而修诗书礼乐，并系统学《易》，自称加以数年，可以无大过。晚年更是精心研究《易经》，写有十分精彩、深刻的《易大传》，对《易经》作出了通彻、权威的阐释。使这部占卜之书，有了更深奥的哲学意义，发掘出世界观、方**的精粹。

    “五十而知天命”，认为自己掌握了客观事物的发展规律的孔子也迎来了人生新辉煌。孔子五十一岁时，阳货被逐，才见用于鲁，被任为中都（今汶上西）宰（相当于现在的地级市市长）。孔子治理中都“行之一年”，卓有政绩，“四方则之”，被升为司空（相当于现在的建设部部长），不久又升为大司寇（相当于现在的公安部、司法部部长兼最高人民法院院长），摄行相事（代理宰相，兼管外交事务。由于孔子升迁过快，不符合当时的官员晋升标准，因此为代理宰相）。当时的鲁卿，季桓子是大司徒，叔孙武叔是大司马，孟懿子是大司空。他当的司空，是少司空，为孟懿子的副手，地位仅次于三桓。孔子执政仅三个月，鲁国大治。内政外交均有大变，国家实力大增，百姓安居乐业，社会秩序良好（史书上称“路不拾遗，夜不闭户”），奸佞之人和刁民纷纷出逃；同时，孔子还通过外交手段，逼迫齐国将在战争中掠夺的鲁国大片国土归还给了鲁国。

    鲁定公十年（前500年）齐鲁夹谷之会，鲁由孔子相礼。孔子认为“有文事者必有武备，有武事者必有文备”，早有防范，使齐君想用武力劫持鲁君之预谋未能得逞，并运用外交手段收回被齐侵占的郓、灌、龟阴之田。这件事足见孔子具有大智大勇，据《吕氏春秋？乐成》记载，开始尚疑其才，既而政化盛行，国人诵之（见《孔丛子？陈士义》）。

    鲁国自宣公以后，政权操在以季氏为首的三桓手中。昭公初年，三家又瓜分了鲁君的兵符军权。鲁定公十二年（前498年），孔子为削弱三桓（季孙氏、叔孙氏、孟孙氏三家世卿，因为是鲁桓公的三个孙子故称三桓，当时的鲁国政权实际掌握在他们手中，而三桓的一些家臣又在不同程度上控制着三桓），采取了“堕三都”的措施（即拆毁三桓所建城堡）。他援引“家不藏甲，邑无百雉之城”的古制，提出“堕三都”计划，并通过任季氏宰的子路去实施。由于孔子利用了三桓与其家臣的矛盾，季孙氏、叔孙氏同意各自毁掉了费邑与后邑。但孟孙氏被家臣公敛处父所煽动而反对堕成邑。定公围之不克。这种“强公室，抑私门”的政治改革，后来半途而废，孔子与三桓的矛盾也越来越大。

    不仅国内的保守派作梗，外部的亡鲁势力也很强盛。孔子的改革举措和杰出的执政能力让齐国倍感威胁，鲁定公十三年（前497年），齐国使出美人计，送八十名美女到鲁国，季桓氏接受了女乐，君臣迷恋歌舞，沉溺酒色，多日不理朝政，孔子非常失望。不久鲁国举行郊祭，祭祀后按惯例送祭肉给大夫们时并没有送给孔子，这表明季氏不想再任用他了，孔子在不得已的情况下离开鲁国，到外国去寻找出路，开始了周游列国的旅程。这一年，孔子五十五岁。