但是，实际上双方都是实力派，面对不利于自己的公议，都有能力不去执行。拉藏汗从拉萨出发以后，在羊八井、当雄等地驻留多日，缓缓抵达那曲。在那曲集结了藏北各地的蒙古军队，准备开仗。
桑结嘉措也未遵守决议，仍然杲在布达拉宫，只有在布达拉宫，他才能干预政府的一切事务。
五月，拉藏汗兵分两路，一路由他亲自率领，从澎波而来；另一路由其妻次仁扎西及部分军官率领，从堆龙德庆而来。当时，色拉、哲蚌二寺的上师、密宗院的轨范师以及班禅大师的代表等人闻讯后，急忙先后赶去劝阻。请求汗王罢兵。但是，遭到拒绝。
藏历第十二绕迥木鸡年（1705年）七月，桑结嘉措被抓获，押至堆龙德庆的朗孜村立刻斩首。从此，西藏进入拉藏汗时代，他统治西藏前后长达12年。
仓央嘉措虽然不喜欢桑结嘉措，但他也离不开桑结嘉措，靠山倒台，六世**的合法性从宗教问题变成了政治问题。
拉藏汗掌握大权以后，对六世**喇嘛多方责难。还特派人员赴京师，谗言桑结嘉措勾结准噶尔人，准备反叛朝廷。还说桑结嘉措在布达拉宫立的仓央嘉措不是五世**喇嘛真正的转世灵童，他终日沉湎于酒色，不守清规，请予废黜。康熙帝即派侍郎赫寿等人赴藏，敕封拉藏汗为“翊法恭顺汗”，赐金印一颗。命将仓央嘉措从布达拉宫的职位上废除，“执献京师”。
谕旨传来众僧大哗，拉藏汗不遵守约定，武装端掉政敌，就失去了本地僧侣集团的支持。此时他利用中央政权干涉本地宗教事务，对至高无上的**说废就废，众僧发誓要保卫自己的宗教领袖。
1706年5月17日，当仓央嘉措与押解士兵从拉鲁嘎起程之际，“无数信仰**的众生眼泪涌出，泪洗面颊。在人们请求**为一切众生祈祷之乞求声中，**身前供满了数不尽的洁白的哈达”，继之“当走到哲蚌寺时，僧侣们含着眼泪，在一下祈请声中，舍命从蒙古人手中抢走仓央嘉措，迎至甘丹颇章。拉藏汗闻之，即调兵攻打。其时，仓央嘉措生起不忍之心，说‘生死于我已无什么损失’。言罢，无所畏惧地径直前往蒙军之中。”（《七世**传》）于是，官兵押送着他踏上了北赴京师的漫漫旅途。不为修来世只为在途中与你相遇
其后，拉藏汗将生于藏历火虎年（1686年）的活佛益西嘉措认定为六世**喇嘛，将其迎至布达拉宫坐床，在位11年。
但是，西藏僧俗群众皆不承认这个靠阴谋政变进入布达拉宫的僧人是**喇嘛的转世灵童。白噶尔益西嘉措在西藏的地位十分尴尬，为此拉藏汗上奏康熙皇帝，请求皇帝的承认，并赐金印。
关于六世**仓央嘉措的结局，有人说他25岁时在青海湖圆寂。有人说他被解往内地后，死于五台山。还有一种说法是，他在青海湖畔出走，之后游走了尼泊尔、印度等地，下落不明。
流传最广的一种说法，也就是密传《琵琶音》的说法：1706年秋天，25岁的仓央嘉措被请往内地，一行来到青海湖附近的东如措纳时。皇帝诏谕严厉，恐怕一到京城，仓央嘉措性命难保，还有可能受到侮辱。众人闻旨惶恐已极，毕竟仓央嘉措“不但是精神之王，同时也是世俗之王”，他们要想办法保全他的性命。于是甘冒风险，要放掉仓央嘉措。商量好后，在一个月夜，这些人到仓央嘉措面前恳求道：“您已获自主，能现仙逝状或将形体隐去。若不如此，则我等势必被斩首。”求告再三，仓央嘉措无限悲伤，话别之后，飘然上路，朝东南方向而去。
同时他履行了作为**的最后职责，他的最后一首诗暗藏着下一任转世灵童的消息。
洁白的仙鹤啊，
请把双翅借我；
不用飞得太远，
转到理塘就回。
布达拉宫的僧人正是根据这首诗的提示，去到诗中所说的理塘，找到转世灵童，也就是之后的七世**格桑嘉措。
此后，仓央嘉措经打箭炉至内地的峨眉山等地去朝山拜佛。然后，又到处云游，讲经说法，广结善缘，创下无穷精妙业绩。
据近年来的考古发现证实，仓央嘉措晚年定居内蒙古阿拉善地区，在这里宣扬佛法，普度众生，最后圆寂于此。腾格里沙漠中的承庆寺（六世**的圆寂地）、昭化寺（法体停放地）和贺兰山广宗寺（真身舍利存入处）就见证了六世**这一段生命历程。
乾隆十一年（1746年）五月八日仓央嘉措坐化，年64岁，乾隆二十二年（1757年）六世**弟子阿旺多尔济依照师父生前的意旨在贺兰山中修造广宗寺，寺内供奉着六世**灵塔（六世**肉身）。
乾隆二十五年（1760年），清廷为该寺赐名“广宗寺”，授予镌有藏满蒙汉四种文字寺名的乾隆御笔金匾。
仓央嘉措早年的情事和他动人的情诗，永远流传在广袤的雪域高原，人们没有因为他早年贪恋红尘而菲薄他，相反，他的不幸和出走更让人生出无限同情。
“不俗即仙骨，多情乃佛心”。多情的仓央嘉措，在森严的布达拉宫，吟唱着情歌；慈悲的大德仓央嘉措，在流浪的路上传播善律。纯真澄明的诗人，唱出众生的渴望。对六世**仓央嘉措的情殇，只有用他自己的诗来说：
不要说持明仓央嘉措，